メリット デメリット
環境に優しい 事故時のリスク
発電時に騒音を起こさない コストが高い
水素と酸素だけで発電をすることができる 水素を手に入れる方法を考える必要がある
発電時に排出するのは水だけである 発電量は大きくない
発電効率が高い 実用化はされているものの、普及はまだ途上である
業務用だけではなく家庭用の製品も誕生している 家庭用とは言え、まだ価格がかなり高めに設定されている
燃料電池車の技術開発も進められている 燃料電池車の場合は水素ステーションが少なすぎる
燃料電池そのものの認知度も上昇傾向にある 燃料電池という名前だけしか知らないという人も多い
賛成意見 反対意見
SF小説の中の未来の技術という憧れだけでなく、実際に既存の発電方式に比べて高効率な発電が可能であること、また原理的に水分しか排出されないというところは、これからの時代、特に日本にはマッチしている技術だと思います。

基本的にはセルを増やすことで電源容量をあげられるので、小規模な家庭用から大規模な産業用まで応用が可能です。

規格を統一することができれば、大幅な価格の値下げも可能になると思います。もっとも将来性がある発電技術ではないでしょうか。
現状のところ、家庭で導入するには高額の投資が必要なところ、また恐らく投資分を回収できるだけの発電は得られないところが大きな問題だと考えています。

ここらへんを解決するためには、まだまだ長期間の研究開発/商品開発が必要ですし、そのためには莫大な政府による補助が必要となります。

現在の日本の状況を考えると、そこまでの余裕があるとは思えず、もっと即戦力になる部分への投資をメインにするべきだと思います。将来性はあるが、時期尚早というのが正直な感想です。
燃料電池は酸素と水素を利用して電気をつくります。石油や石炭などの燃料を燃やすことがなく、燃料である水素はいろんなものから入手できるので、国内においても資源を確保でき、輸入に頼らなくてよいメリットがあります。

通常電力を作る際には、二酸化炭素の排出がされ、排出が多ければ地球温暖化につながります。燃料電池には温室効果ガスの排出がなく、有害な物質もでないので、地球環境に優しい電池という点でメリットがあります。
燃料電池の良くない点はコストが高い点です。次世代エネルギーとして期待されるものですが、高すぎて一般家庭には経済的負担が大きいです。

水素の入手について将来的には、海水を電気分解して水素を大量につくれるようになるらしいですが、まだ大量に入手する方法が確立していない点が残念です。

貯蔵するためのタンクが現時点では大型になってしまう点も良くない点です。燃料電池を車に搭載した場合、事故等により爆発や発火で引火した場合の事を考えると、安全面で非常に心配な点が多いです。
自動車への採用を基準に考えます。最も良い点としては、電気自動車と比較して長距離の移動が可能になるということです。

当然、電池の大きさにもよりますが、一般的に電気自動車と比較した場合、満タン状態で移動できる距離を比較した時、燃料電池の方が電力量が多く、長距離の移動が可能になります。

また、電気自動車のように時間のかかる充電が必要無く、短時間での補給が可能となるため、使用用途が広がります。そして効率が良いため、無駄なくエネルギーを取り出すことが可能です。
燃料電池を使用するにあたって最も困難なのが安全性の確保でしょう。水素を使用して発電するため、水素を補給できる必要があります。

しかし、空気中に漏れ出すと爆発する恐れがあります。そのため補給するステーションの整備が難しくなります。

また、燃料電池を搭載する車両側も安全性を考慮した形状にする必要があります。安全性確保のために、水素をそのまま使用するのではなくアルコールから電気を取り出せる燃料電池もありますが、そうすると効率が悪くなります。

安全か効率かという選択をしなければならないため、現在の技術では利点を活かしきるのが難しいといえるのではないでしょうか。
参考サイト
未来車 日本ガス協会